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Setup

MongoDB, um banco de dados NoSQL, é conhecido por seu alto desempenho e escalabilidade. Ele é ideal para lidar com altos volumes de dados na EvolutionAPI. Defina as variáveis de ambiente do MongoDB no arquivo .env para Docker ou o dev-env.yml para NPM da seguinte forma: 
# Defina como true para habilitar o MongoDB.
DATABASE_ENABLED=true
# Sua string de conexão do MongoDB.
DATABASE_CONNECTION_URI=mongodb://user:password@database_URL/?authSource=admin&readPreference=primary&ssl=false&directConnection=true
# Prefixo para o nome do banco de dados.
DATABASE_CONNECTION_DB_PREFIX_NAME=evo
# Salva as credencias de conexão do whatsapp no mongoDB
DATABASE_SAVE_DATA_INSTANCE=false 
# Salva as mensagens novas no mongo
DATABASE_SAVE_DATA_NEW_MESSAGE=false 
# Salva as atualizações de mensagens no mongo
DATABASE_SAVE_MESSAGE_UPDATE=false
# Salva os contatos importados e novos contatos
DATABASE_SAVE_DATA_CONTACTS=false 
# Salva os chats importados e novos
DATABASE_SAVE_DATA_CHATS=false

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Migração de dados

Alternar entre o armazenamento local para o MongoDB não transfere automaticamente suas instâncias do WhatsApp que estão atualmente sincronizadas com o local storage original.
Certifique-se de já ter uma instância do MongoDB em execução com um banco de dados criado.
Claro, aqui está a tradução da documentação para o português:

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Migre seus dados no NPM ou NVM

Pare a execução do PM2: Flush e Stop: Limpa todos os logs do PM2, útil para solução de problemas após a atualização e para parar temporariamente a Evolution API para aplicar atualizações com segurança. 
# Limpar todos os logs do PM2
pm2 flush

# Parar o processo atual da Evolution API
pm2 stop ApiEvolution
Diretório da Evolution API: acesse o diretório de instalação com o seguinte comando: 
cd evolution-api
Comando de migração: Execute o comando de migração no diretório de instalação: 
npx evolution-manager api migrate-to-mongo
Siga os passos do script e migre instâncias específicas do WhatsApp ou todas as suas instâncias.